相続登記にかかる税金｜登録免許税の計算方法や免税措置

監修福岡法律事務所 所長 弁護士 谷川 聖治弁護士法人ALG&Associates

令和6年4月より、不動産を相続した場合、相続登記が義務になります。 相続登記とは、不動産の所有権が相続によって移転したことを「登記」という形で記録してもらい、明らかにする手続きです。 相続登記をする際には、「登録免許税」という税金がかかります。この税金は、登記を申請するときにはほとんどの場合に支払わなければなりませんが、場合によっては免税を受けることができます。 本記事では、相続登記の際に支払う登録免許税の計算方法や、相続登記で受けられる免税措置の内容等について解説します。

登録免許税とは、土地や建物等の不動産について、登記をしたときにかかる税金です。相続により不動産を手に入れた場合には、相続登記をするために登録免許税を納付します。 登記によって不動産の所有者とされることにより、他人に対して不動産の権利（所有権）を主張できるようになるため、登録免許税はその利益に対して課される税金だと考えられます。 なお、相続登記について詳しく知りたい方は、こちらの記事を併せてご覧ください。

相続の場合の登録免許税は、以下の計算式を用いて求めます。 登録免許税の税額＝課税標準×税率（0.4%） 課税標準とは、不動産の評価額のことであり、総務大臣が定めた「固定資産評価基準」によって決められます。そのため、不動産を購入したときの金額や、売却することを想定した見積額などとは異なる金額になります。 不動産の評価額を基準にして、登録免許税や固定資産税等の税金が課されます。

不動産の評価額とは？

不動産の評価額（課税標準）とは、登録免許税の税額を計算するうえで基準となる金額をいい、概要は以下の通りです。

実際にはいくらかかる？登録免許税の計算例

登録免許税がいくらかかるのかを、以下の評価額である不動産（土地と家）を1人で相続した場合について考えます。 土地：825万600円
家　：570万420円
まず、土地と建物の評価額を合算します。 評価額の合計=土地の評価額（825万600円）+建物の評価額（570万420円）=1395万1020円 さらに、登録免許税を計算するために、不動産の評価額の下3桁を切り捨てます。 登録免許税の計算に用いる評価額：1395万1000円 相続登記の登録免許税は、この評価額の0.4%です。ただし、下2桁は切り捨てます。 評価額（1395万1000円）×0.4%=5万5804円
よって、登録免許税額は5万5800円となります。

土地を相続するときに支払う登録免許税には、平成30年の税制改正により免税措置が設けられました。 その後、適用範囲が拡大される等して、現在では以下の2つの免税措置があります。 ①相続により土地を取得した方が相続登記をしないで死亡した場合の登録免許税の免税措置
②不動産の価額が100万円以下の土地に係る登録免許税の免税措置 これらの免税措置について、以下で解説します。

①相続登記をする前に相続人が亡くなった場合

相続登記をする前に相続人が亡くなり、再び相続が発生した場合には、1回目の相続についての登録免許税は免除されます。この免除が受けられるのは、1回目の相続の登記を一定の期間（平成30年4月1日から令和7年3月31日までの間）に行った場合です。 例えば、登記名義人Aが死亡して相続人Bが土地を相続し、相続登記をする前にBが亡くなって再相続人Cが土地を相続した場合には、AからBへの相続登記を一定の期間に行えば登録免許税が免除されます。ただし、BからCへの土地の相続については、登録免許税が免除されません。 なお、この免除を受けるためには、申請書に「租税特別措置法第84条の２の３第１項により非課税」と記載する必要があります。

②価額が100万円以下の土地の場合

価額が100万円以下の土地については、令和4年4月1日から令和7年3月31日までの間、登録免許税が免除されます。以前は対象となる土地が限定されていましたが、法改正により対象が全国の土地に拡大されました。 なお、この免除を受けるためには、申請書に「租税特別措置法第84条の２の３第２項により⾮課税」と記載する必要があります。

登録免許税を納付する方法は、主に以下の2つがあります。
・現金で納付する
・収入印紙で納付する
これらについて、以下で解説します。

現金で納付する方法

登録免許税を現金で納付するためには、金融機関で納付書に記載をした上で窓口に提出し、登録免許税額を支払います。そして、交付された領収書を登記申請書に貼付し、法務局で申請を行います。 税額が3万円を超える場合には、基本的に現金での納付が必要です。

収入印紙で納付する方法

登録免許税を収入印紙で納付するためには、法務局の印紙売り場や郵便局等で購入した収入印紙を登記申請書に貼付して、法務局に提出します。 税額が3万円以下の場合には、収入印紙での納付が可能とされています。とはいえ、手続きが簡単になることから、3万円を超える税額であっても収入印紙を用いることが認められることもあるようです。

登録免許税には納付期限がありません。ただし、基本的には登記申請の際に、現金で納付するか、申請書に収入印紙を添付する等して納付します。 また、登録免許税の金額は「固定資産評価証明書」に記載されている評価額を基準に決まります。「固定資産評価証明書」は年度が変わると新しくなるため、最新の年度の証明書を用いるようにしましょう。

登録免許税に関してよくある質問について、以下で解説します。

登録免許税を譲渡所得税計算時の費用として組み込むことはできますか？

相続登記でかかる登録免許税は、譲渡所得税を計算する際に、譲渡費用に含めることができます。 譲渡所得税は、売却益（譲渡所得）に対してかかる税金です。そして、譲渡所得は以下の式で計算します。 譲渡所得＝売却した金額－不動産の購入金額－譲渡費用 そのため、譲渡費用が多ければ多いほど譲渡所得は低額になり、譲渡所得税も低額になります。 譲渡費用に登録免許税を算入することによって、譲渡所得税を低額にすることができます。

登記申請の誤りを訂正する「更正登記」を行う場合、登録免許税はかかりますか？

更正登記を申請する場合にも、登録免許税がかかります。 更正登記とは、登記を申請したときに誤りがあった場合に、その誤りを修正するために行う登記です。例えば、氏名や住所を間違えて申請したために、誤った氏名や住所が登記されてしまったケース等で更正登記が行われます。 ただし、間違った土地に登記をしてしまった等、更正登記で正しい状態に直すことができない登記については、抹消して正しい登記を行う等の対応をしなければなりません。 不動産の更正登記にかかる登録免許税は、不動産の評価額にかかわらず、不動産1件につき1000円です。

不動産の相続登記を行うときには、登録免許税を支払わなければなりませんが、控除や特例は受けられるのか等、ご自身で判断するのは難しいでしょう。 相続手続には、専門知識が不可欠です。弁護士は法律の専門家であり、相続についての知識も豊富なので、遺産分割協議を誤りなくまとめてもらうことも、相続手続を任せることも、相続に関する税金のアドバイスを受けることもできます。 相続手続や相続に関する税金についてお困りの方は、弁護士にお気軽にご相談ください。